Nachdem die unterschiedlichen Proben in Innenräumen sachgerecht entnommen, aufbereitet und verpackt wurden, gehen diese für mikrobiologische Untersuchungen in ein autorisiertes Labor. Dieses sollte im Idealfall für die standardisierten Untersuchungsmethoden, die in der DIN ISO 16000 „Innenraumluftverunreinigungen“ aufgeführt sind, akkreditiert sein. Hierzu gehören z. B. Messungen von Schimmelpilzen in der Luft nach Teil 16, 17 und 18 der Norm, Messungen der Gesamtsporenzahl in der Luft sowie der kultivierbaren Schimmelpilze Pilze sind weit verbreitete Organismen auf der Erde und besiedeln unterschiedlichste Substrate, auf oder in denen sie auf Grund ihrer im Material nach Teil 20 der DIN ISO 16000. Andere Untersuchungsmethoden wie z. B. die noch nicht genormte Direktmikroskopie Mikroskopie von Materialproben anhand durchlichtmikroskopischer Präparate. Außerdem werden Klebefilmproben und Partikelsammlungen zur Schimmelpilz-Bestimmung verwendet. Die Bestimmung erfolgt in der Regel inklusive Klebefilmpräparate, die Messung der kultivierbaren (Aktino) Bakterien Der Begriff Bakterien (Bacteria) ist aus dem altgriechischem (bakterion = Stäbchen) abgeleitet und wird in der Mikrobiologie traditionell für alle , die ebenfalls noch nicht genormt ist, und auch die Messung von MVOC nach VDI 4254 Blatt 1 sollten ebenfalls zum Portfolio des Labors gehören. Sollte eine Akkreditierung gemäß DIN EN ISO/IEC 17025 „Allgemeine Anforderungen an die Kompetenz von Prüf- und Kalibrierlaboratorien“ für diese Verfahren nicht vorliegen, muss das Labor eine vergleichbare Qualität nachweisen oder anderweitig seine analytischen Kompetenzen belegen können.

Unabhängig davon sollten autorisierte Labore über eine mehrjährige praktische Erfahrung in der Innenraum- und Schimmelpilzdiagnostik aufweisen und fundierte Kenntnisse auf dem Gebiet der Umweltmykologie besitzen. Sie sollten sich bei der Untersuchung der Proben an den Empfehlungen der VDI-Richtlinie 4300-10 „Messen von Innenraumluftverunreinigungen – Messstrategie bei der Untersuchung von Schimmelpilzen im Innenraum“ bzw. der DIN ISO 16000 Teil 16 bis 20 orientieren. Es zeichnet ein qualifiziertes Labor zudem aus, dass die Kennziffern zur Validierung, der Bestimmungsschlüssel zur Identifizierung der einzelnen Schimmelpilze, evtl. Messabweichungen sowie die Parameter zur Bewertung der Ergebnisse offen gelegt werden. Bei der Bewertung der Messergebnisse orientieren sich die Labore an den aktuellen Beurteilungskriterien der Innenraumlufthygiene wie z. B. im Leitfaden „Zur Vorbeugung, Erfassung und Sanierung Der Begriff Sanierung im Kontext der Schimmelpilzsanierung beschreibt die Beseitigung von Gefahren, Gefährdungen oder Belästigungen durch mikrobiellen Befall bis hin von Schimmelbefall in Gebäuden“ des Umweltbundesamtes ( UBA Siehe Umweltbundesamt. ).
Die technische Ausrüstung sollte der üblichen Ausstattung eines mykologischen Labors entsprechen und neben verschiedenen Mikroskopen, Luftkeimmessgeräten und Inkubatoren auch eine umfangreiche Pilzdatenbank umfassen.
Ein wichtiges Thema in einem mikrobiologischen Labor ist die Hygiene Das Wort Hygiene stammt aus dem Griechischen und bedeutet so viel wie „eine der Gesundheit zuträgliche Kunst“. Es ist von . Um diese sicherzustellen werden nach einer Untersuchung die mikrobiell belasteten Materialien sterilisiert. Dies erfolgt in so genannten Autoklaven Ein ständig zu lösendes Problem in einem mikrobiologischen Labor ist die Hygiene. Um die hygienischen Anforderungen zu erfüllen, werden nach . Durch das Dampfsterilisationsverfahren wird eine Freisetzung lebender Mikroorganismen verhindert. Zudem müssen in den Laboren entsprechende Vorrichtungen mit Filtern für eine entsprechende Hygiene sorgen. Zusätzlich können aufgestellte HEPA- Luftfilter In der Entfeuchtungstechnik kommen im Wesentlichen drei Filterarten zum Einsatz. Partikelfilter: diese bestehen in der Regel aus einem Netzgewebe, einem für eine optimale Reinhaltung der Raumluft in den Laborräumen sorgen. Ein internes Qualitätsmanagementsystem rundet das Profil dieser Labore ab. Für qualifizierte Labore gehört es zum Selbstverständnis, dass nur mikrobiologische Untersuchungen und Bewertungen derselben vorgenommen und keine bauphysikalischen oder bautechnischen, medizinischen oder rechtlichen Empfehlungen abgegeben werden.